Свети Пахомий е роден през 292 г. в Тиваида, Египет (близо до днешния град Луксор), в семейство на родители езичници. На 20-годишна възраст постъпил в римската войска, където служил заедно с войници християни и от тях научил за християнската вяра, впечатлил се от тяхната нравственост. След уволнението си от войската Пахомий основно се запознал с християнското учение и приел кръщение. Тогава решил да последва примера на някои християнски отшелници, които вече се подвизавали в пустинята в пост и молитва, и отишъл в Горна Тиваида. Там потърсил духовно ръководство от известния подвижник Паламон и му станал съвършен подражател.

След смъртта на своя духовен баща в 320 г. Пахомий основал малък манастир на остров Тавена в река Нил. Скоро вестта за неговата святост привлякла много монаси и обителта се разраснала, а свети Пахомий станал един от великите подвижници в пустинята. Той се смята за основател на общежителното монашество, т.е. монаси, които живеят в общности, имат обща молитва всяка сутрин и вечер, обща работа, общи приходи и разходи, общи ястия и еднакво скромно облекло. Храната им основно била от растителен произход. Монасите избягвали да говорят помежду си и общували с кимане, лицата си покривали така, че да не виждат встрани. Обувки използвали рядко. Всяка събота и неделя на общото богослужение вземали свето причастие.

С благост и строгост преподобният Пахомий успял да ръководи стотиците монаси в осемте манастира, за които се грижел като любящ баща. Чрез мъдри съвети и личен пример ги насърчавал в стремежа им към святост. Поради своята дълбока вяра и човеколюбие свети Пахомий бил надарен от Бога с благодатта да извършва чудеса.

През 348 г., докато се грижел за заболелите от чума монаси, сам преподобният Пахомий се разболял и починал на 9 май.